Зоопаркам помимо вольеров, в которых постоянно размещаются животные, необходимы дополнительные помещения. В Московском зоопарке, в связи с тем, что он находится в центре мегаполиса, проблема места для животных, стоит достаточно остро. Поэтому в 1996 году зоопарку были выделены 200 гектаров земли недалеко от города Волоколамска под строительство питомника. В этом же году было начато строительство: построили несколько вольеров, теплые бытовки, провели электричество.
В зоопитомнике содержаться наиболее ценные виды животных, а также проводится формирования пар для размножения. Здесь изучаются и разрабатываются новые методы содержания и разведения животных. В питомник не пускают посетителей, так как излишний шум мешают разведению.
В зоопитомнике много пернатых. Именно хищные и водоплавающие птицы поселились здесь первыми. Сегодня на прудах живут кряквы, огари, шилохвосты, нырки, казарки, тундровые лебеди, журавли. Есть в питомнике фазанник, попугайник, комплекс для хищников, в котором размножаются беркуты, могильники, орланы, грифы, кумаи.
В зопитомнике содержаться и млекопитающие, такие как гепарды, амурские тигры, дальневосточные леопарды, красные волки, росомахи, харзы, забайкальские манулы.